微生物肥料对土壤条件要求比较严格，一般菌肥中的生物菌在土壤中温度为18℃-25℃时，生命活动最为活跃，15℃以下生命活动开始降低，10℃以下活动能力已很微弱，甚至处于休眠状态。因此微生物肥料使用注意土壤温度，调节好土壤湿度。 

 

　微生物肥施入土壤后，生物菌需要一个适应、生长、供养、繁殖的过程，一般在15天后可发挥作用。如果作追施，在作物的营养临界期前施用，施用时间适宜在清晨和傍晚或无雨阴天，这样可避免阳光中的紫外线将微生物杀死，并避免在高温、干旱条件下使用。 

 

　另外微生物菌剂在施足有机肥的基础上效果更佳。如果土壤中的有机质供应充足，生物菌就会大量繁殖，抑制有害菌；避免与农药同时施用，化学农药都会不同程度抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物；不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及草木灰混合用。